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昆明动物所自研表观基因组学分析智能体 ChromBot 亮相第四届海洋生物生态与进化青年论坛
2026-06-16 来源: 进化生态与多维组学动态学科组 作者: 闫凯

612日至13日,“蓝极探境·智解未来——第四届海洋生物生态与进化青年论坛暨高原与深海进化生态资源利用AI赋能研讨会”在昆明召开。会议由电子游戏app下载安装、中国科学院南海海洋研究所、山东大学和云南省西南及跨境生物多样性数据信息重点实验室联合主办,围绕极端环境适应与生态、生物资源利用及人工智能赋能等议题展开交流。

612日下午的青年科学家论坛上,昆明动物所助理研究员闫凯作了题为《基于 LangGraph 的自纠错表观基因组学智能体》的报告,介绍了由该所进化生态与多维组学动态学科组自主研发的表观基因组学分析智能体 ChromBot。这是该学科组在进化生态与多维组学研究中探索 AI for Science 的又一次实践。

ATAC-seqChIP-seq CUT&Tag 等是研究染色质状态与基因表达调控的重要技术手段,但其数据分析通常涉及软件环境配置、参数选择、脚本编写、高性能计算任务提交及质量控制等多个环节,在实际科研中往往面临重复操作多、流程复现难、经验难沉淀等问题。ChromBot 正是面向这些需求设计:研究人员通过自然语言描述分析任务,即可由智能体自动识别数据类型、编排分析流程、设置参数,并提交至高性能计算平台运行,最终完成质量评估与报告生成。目前,系统已覆盖 ATAC-seqChIP-seq CUT&Tag 三类常见表观基因组学实验的端到端分析。

与传统自动化流水线相比,ChromBot 在“可信”与“可复现”方面进行了重点设计。它不仅能够执行预设的标准流程,也可根据个性化需求生成分析脚本,并设置人工确认环节,经研究人员审核后再执行。系统基于 LangGraph 构建运行框架,在任务执行前、执行后及质量控制等关键环节设置自动检查机制,对参数设置、中间产物和分析结果进行审查,并内置常见失败模式,可对数据配对异常、基因组索引缺失、比对率偏低、任务内存不足、峰识别失败等问题进行诊断并给出处理建议。同时,每次分析都会记录关键参数、软件版本与输入输出信息,生成可复现凭证;历次分析产生的质量控制指标可进一步积累为实验室内部的参考基线,使分散于个人经验中的分析知识逐步转化为团队可复用的科研资产。报告还展示了 ChromBot 在测试数据上的初步结果。在采用相同参数的条件下,智能体自动流程与独立手动流程获得的核心结果保持一致,初步验证了系统在任务编排与分析复现方面的稳定性。

据介绍,ChromBot 目前运行于曙光高性能计算平台,并已上线曙光智能体集群社区。在闫凯报告之后,曙光智算工程师围绕“国产算力助力生物信息领域发展”作了分享,共同展现了人工智能智能体与国产高性能计算基础设施协同服务生命科学研究的应用前景。

进化生态与多维组学动态学科组长期致力于进化生态学与多维组学研究,并积极探索人工智能与高性能计算在其中的应用。下一步,学科组将继续面向科研需求,拓展智能体在数据分析、知识组织与科研辅助决策等方面的应用,为研究所的科研创新与数字化能力建设提供技术支撑。

ChromBot 由昆明动物所进化生态与多维组学动态学科组研究员吕雪梅指导,闫凯等合作开发完成。

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ChromBot 工作流程与核心能力示意

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ChromBot 可信机制与应用价值示意


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